Komplikovane urinarne infekcije podrazumevaju prisustvo činioca koji onemogućava adekvatno pražnjenjem urina iz urinarnog trakta (hidronefroza uzrokovana različitim faktorima, anomalije urinarnog trakta, povrede) ili prisustvo faktora koji podržava infekciju (kalkuloza, kateteri). Češće su u osoba koje osim faktora rizika imaju i neko od oboljenja kao što je dijabetes, imunodefocijencija, bubrežna insuficijencija. Ne retko posledica su uroloških manipulacija i uzrokovane su multirezistentnim bolničkim sojevima. Uzročnici su iz grupe gram negativnih bakterija (e.coli, pseudomonas, serratia, proteus) ili redje staoph.aureus ili klebsiela enterobakter. Obzirom da je stanje pacijenata teško, neophodna je hospitalizacija, i započinje se sa empirijskom parenteralnom primenom antibiotika širokog spektra do dobijanja kultura. Najčešće se primenjuju fluorohinoloni , cefalosporini, aminoglikozidi, aminopenicilini i karbapenemi. Neophodno je što pre uspostaviti drenažu urina i/ili otkloniti uzrok koji je doveo do obstrukcije. Antibiotska terapija traje 2-3 nedelje.